Podczas II wojny światowej „Glinnik”, położony w Krakowie-Przegorzałach był miejscem masowych egzekucji Polaków więzionych przez Niemcy w więzieniu św. Michała ul. Senackiej oraz przy ul. Montelupich. Do tej pory nie udało się ustalić ani dokładnej liczba zabitych, ani miejsca ich pochówków. Ofiary chowano w grobach zbiorowych (lub po prostu wykopanych przez nie dołach) na miejscu straceń. W latach 70. dochodzenie w tej sprawie było zawieszone z powodu trudności w dotarciu do niemieckojęzycznych materiałów dotyczących potencjalnych sprawców. Obecnie znajduje się tutaj niewielka nieogrodzona łąka z pomnikiem upamiętniającym męczeńską śmierć bliżej nieustalonej liczby straconych. Szczątki 66 ofiar zostały odnalezione podczas prac badawczo-ekshumacyjnych prowadzonych na zlecenie Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego przez zespół specjalistów z Instytutu Archeologii i Etnologii Polskiej Akademii Nauk.
Podczas ekshumacji do dalszych badań zabezpieczony został materiał biologiczny niezbędny do identyfikacji genetycznej ofiar. Małopolski Urząd Wojewódzki współpracować z Instytutem Ekspertyz Sadowych przy tworzeniu bazy materiału porównawczego. Członkowie rodzin, które przypuszczają, że na terenie Glinnika zginął ktoś z ich bliskich, mogli nieodpłatnie przekazywać materiał DNA do badań.
W 2012 r. dzięki staraniom Prezydenta Miasta Krakowa Jacka Majchrowskiego oraz Wojewody Małopolskiego Jerzego Millera miejsce wpisane zostało do ewidencji cmentarzy i grobów wojennych. Koncepcję urządzenia cmentarza wybrano spośród prac wykonanych przez studentów Wydziału Architektury Politechniki Krakowskiej.